Sieć obszarów Natura 2000 obejmuje obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) oraz specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO). Wyznaczanie obszarów Natura 2000 następuje w drodze rozporządzenia ministra właściwego do spraw środowiska. Plan ochrony sporządza sprawujący nadzór nad obszarem w terminie 5 lat od dnia wyznaczenia tego obszaru w uzgodnieniu z właściwymi miejscowo radami gmin. Plan obowiązuje 20 lat. Na terenach zarządzanych przez Lasy Państwowe zadania ocjronne wykonuje nadleśniczy zgodnie z ustaleniami planu ochrony zawartymi w planie urządzenia lasu.

Na terenie Nadleśnictwa Łopuchówko znajdują się 4 obszary Natura 2000: Biedrusko, Buczyna w Długiej Goślinie, Uroczyska Puszczy Zielonki oraz Dolina Samicy.

PLH300001 „Biedrusko".

Obszar  OZW uznano na mocy decyzji Komisji Europejskiejz dnia 10 stycznia 2011 roku. Obszar obejmuje teren poligonu Biedrusko (z wyłączeniem miejscowości  Biedrusko). Powierzchnia obszaru Natura 2000 Biedrusko wynosi  9938,31 ha  z czego na gruntach nadleśnictwa położonych jest  9371,06 ha. Położony jest w bliskim sąsiedztwie Poznania (na północ od miasta) nad rzeką Wartą, w większości na jej lewym brzegu.

Pod względem budowy geomorfologicznej można tu wyodrębnić trzy główne jednostki. W południowej części ostoi dominują pagórki moreny czołowej, zbudowane głównie z piasków i żwirów pochodzenia wodnolodowcowego. Środkowy, największy obszar, to wysoczyzna morenowa falista i pagórkowata, z przewagą piasków i glin zwałowych. Od północnego wschodu i wschodu w obręb ostoi wchodzi Poznański Przełom Warty - południkowy odcinek doliny rzecznej powstały przez przekształcenie rynny polodowcowej. Dno doliny pokryte jest holoceńskimi utworami aluwialnymi, zaś wyższe terasy charakteryzują się budową piaszczysto-żwirową.

Wody płynące tworzą interesujący, rozgałęziony układ niewielkich cieków - lewobrzeżnych dopływów rzeki Warty, płynące wzdłuż wschodniej granicy poligonu. Charakterystyczną cechą obszaru jest sieć licznych rowów z okresowo zanikającą wodą. Obecne są również małe i średniej wielkości jeziora, starorzecza, a także drobne oczka wodne w bezodpływowych zagłębieniach pochodzenia wytopiskowego. Większość zbiorników wód stojących ma charakter eutroficzny i intensywnie zarasta, a część uległa już zlądowieniu (np. JezioroPodkowa).

Do najcenniejszych należy wspaniale zachowany kompleks starorzeczy nadwarciańskich w okolicy Gołębowa. W zachodniej części obszaru, na terenie rezerwatu przyrody "Gogulec" występowało śródleśne Jezioro Gogulec wraz z przyległym torfowiskiem przejściowym. Jezioro uległo całkowitemu zanikowi, a roślinność torfowiskowa zachowała się w formie szczątkowej. Największą część obszaru - ponad 62% - zajmują lasy. Są to przeważnie kompleksy grądowe i kompleksy kwaśnych dąbrów oraz zbiorowisk łęgowych i olsowych (w obniżeniach terenu). Dolina Warty to obszar potencjalnie przynależny do łęgów topolowych i wierzbowych oraz łęgu dębowo-wiązowo-jesionowego. Tego typu lasy zostały jednak przeważnie zniszczone, a ich siedliska częściowo obsadzone sosną.

Dobrze zachowane fragmenty łęgów zboczowych zachowały się w parku podworskim  w Radojewie. Pas przykorytowy Warty zajmują wikliny nadrzeczne (Salicetum-triandro-viminalis). Roślinność centralnej części poligonu obfituje w płaty muraw  psammofilnych (Koelerio-Coryneporetea), znacznie rzadsze są murawy kserotermiczne (Festuco-Brometea); łącznie murawy pokrywają prawie 18% powierzchni obszaru. Ponad 11% zajmują różnego typu zarośla (głównie żarnowcowe oraz czyżnie Pruno-Crataegetum) oraz stopniowo regenerujące lasy. Występują one w kompleksie przestrzennym z fragmentarycznie wykształconymi psiarami oraz łąkami ziołoroślowymi.

            Dla obszaru PLH300001 Biedrusko Zarządzeniem nr 10/2013 Regionalnego Dyrektora Ochrony Środowiska w Poznaniu z dnia 12 grudnia 2013 r. został ustanowiony Plan Zadań Ochronnych.

PLH300056 „Buczyna w Długiej Goślinie".

Obszar OZW zatwierdzony został Decyzją  Komisji Europejskiej z dnia 10 stycznia 2011 roku. Obejmuje 703,461 ha gruntów zlokalizowanych w zachodniej części kompleksu leśnego położonego między Rogoźnem a Murowaną Gośliną w rejonie Boguniewa, Słomowa, Pacholewa, Nieszawy i Długiej Gośliny. Jest on położony na falistym terenie moreny dennej  zbudowanej z glin zwałowych i piasków naglinowych. Krajobraz wzbogacają liczne, choć niewielkie zagłębienia wypełnione przez holoceńskie osady organiczne, z których wykształciły się gleby torfowe torfowisk niskich i gleby murszowo-mineralne. Dominującym typem roślinności leśnej są lasy bukowe.

Występują one przeważnie na glebach brunatnych właściwych  wyługowanych, płowych zbrunatniałych i płowychopadowo-glejowych. Mimo  prowadzonej tu gospodarki leśnej struktura drzewostanów jest na ogół zbliżona  do stanu naturalnego, a skład florystyczny – typowy dla żyznych buczyn nizinnych, niekiedy nawiązujących do grądów. Na glebach mniej zasobnych występują kwaśne buczyny i acydofilne dąbrowy, a w lokalnych obniżeniach z ruchomą wodą powierzchniową, na przykład przy źródliskach - łęgi jesionowo-olszowe oraz wiązowo-jesionowe. Roślinność leśną reprezentują także fitocenozy olsów występujące na siedliskach zabagnionych.

Lasy  bukowe koło Długiej Gośliny od dawna są uważane za jeden z najbardziej interesujących obiektów przyrodniczo-leśnych w okolicach Poznania (Urbański 1930, Stolarski 1932, Wodziczko i in. 1938). Objęcie ochroną 200-letniego starodrzewu bukowego na powierzchni 400 ha postulowano już w latach dwudziestych ubiegłego wieku (Szotkowski 1928). Starania te okazały się nieskuteczne, gdyż dopiero w 1958 roku utworzono tu rezerwat "Buczyna" na powierzchni zaledwie 15,71 ha. Obiekt nie posiada Planu Zadań Ochronnych. Z uwagi na fakt, że część chronionego obszaru leży na gruntach prywatnych, wnioskuję o określenie powierzchni znajdującej się na gruntach nadleśnictwa, w rozbiciu na powierzchnię leśną i nieleśną.

PLH300058 „Uroczyska Puszczy Zielonki".

Obszar OZW  zatwierdzony decyzją Komisji Europejskiej z dnia 10 stycznia 2011 roku. Powierzchnia obszaru wynosi 1238.30 ha. Położony jest w dużym kompleksie leśnym o powierzchni około 15 tys. ha o zwyczajowej nazwie Puszcza Zielonka. Na jego terenie znajdują się fitocenozy kwaśnych dąbrów oraz lasy dębowo-grabowe w stanie zachowania naturalnym i zbliżonym do naturalnego. Fragment grądu z żywcem dziewięciolistnym chroniony jest jako rezerwat przyrody.

Do najcenniejszych pod względem walorów przyrodniczych należy 5 enklaw składających się na SOO:

• Dolina rzeki Trojanki na odcinku od Zielonki przez Głęboczek do Głębocka,
• Dziewicza Góra,
• Jezioro Bolechowo,
• Kwaśne dąbrowy koło Huty Pustej,
• Rynny polodowcowe na terenie LZD Murowana Goślina (Pławno, Czarne, Kociołek).

Obiekt nie posiada Planu Zadań Ochronnych.

PLB3000013 „Dolina Samicy"

Obszar utworzony  został na podstawie Rozporządzenia Ministra Środowiska z dnia 12.01.2011 r.

Powierzchnia obszaru wynosi 2391.98 ha. Część obszaru położona jest na terenie Nadleśnictwa Oborniki. W ostoi Dolina Samicy stwierdzono występowanie co najmniej 19 lęgowych gatunków ptaków wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej. Liczebność lęgowego bączka oraz dwóch migrujących gęsi zbożowej i gęsi białoczelnej mieszczą się w kryteriach wyznaczania ostoi ptaków wprowadzonych przez BirdLife International.

Ponadto 5 gatunków zostało wymienionych w Polskiej czerwonej księdze zwierząt. Dolina Samicy jest jedną z 10 najważniejszych w Polsce ostoi bączka zwyczajny (Ixobrychus minutus).

Obiekt nie posiada Planu Zadań Ochronnych.

Poza 4 obszarami leżącymi na gruntach nadleśnictwa w zasięgu terytorialnym  występują jeszcze dwa inne obszary Natura 2000: 

PLH300005 „Fortyfikacje w Poznaniu" oraz PLH300006 „Dolina Małej Wełny pod Kiszkowem" (ok 50% powierzchni).